ヒトまたは家畜等の健康に悪影響を及ぼす可能性がある危害要因について、農林水産省では残留農薬、かび毒（アフラトキシンB1、ゼアラレノン、デオキシニバレノール）、重金属等の化学物質（鉛、カドミウム、水銀、ひ素）について基準値を設定しています。
わが国では、飼料原料の多くを輸入に依存していることから、飼料原料の輸入段階からこれらの有害物質の混入を防ぐために「飼料等への有害物質混入防止のための対応ガイドライン」が制定され、飼料原料を取り扱う各業者ではこのガイドラインに基づいて、基準の遵守状況の確認と記録、品質管理・苦情処理・回収処理の手順書の作成とそれらに基づく業務の遂行、輸送及び保管に関する手順書の作成とそれに基づく業務遂行、教育訓練の実施と記録、サーベイランス・モニタリングへの協力などを行っています。