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わが国で遺伝子組換え農作物を飼料原料として利用する場合、海外の多くの国と同じように使用する前に農林水産大臣の認可をとる必要があり、安全性に関する審査が終了し、農林水産大臣により認可された遺伝子組換え農作物だけが、飼料原料として流通・販売できることになっています。
また、この審査と併行して、遺伝子組み換え農作物が給与された家畜・家禽から生産される畜産物の安全性に関しても食品安全委員会が行なうことになっており、OECD（経済協力開発機構）およびCodex食品規格委員会の考え方に準じて、以下の3点に焦点を当てた評価が行なわれています。
（１）その飼料作物中に組換え体由来の有害物質が生成されないか、また、それが畜産物（肉、乳、卵等）に移行する可能性はないか
（２）家畜の体内で、遺伝子組換えに由来する成分が有害物質に変換され、それが畜産物に蓄積する可能性はないか
（３）遺伝子組換えに由来する成分が家畜の代謝系に作用して、新たな有害物質を産生する可能性はないか
なお、トウモロコシのように飼料原料としてのみではなく、それ自体が食用としても利用される遺伝子組換え農作物については、飼料原料としての安全性評価だけではなく、食品としての安全性についても同時に評価が行われることになっています。
　
現在、わが国で飼料原料として使用が認められている遺伝子組換え体飼料原料はこちらでご覧いただけます。